接下来的几天时间，就在内阁还在争议不休之时，李信及参谋部制定了一整套完备的御敌方案。朱由检召集各部于内书堂讨论并通过了作战方案，接下来就是统筹安排。
紧接着一道来自内书堂的御令直接下发到内阁，直接要求内阁下发建奴入侵消息和安民通知，并拒绝各地起兵勤王，要求南直隶，北直隶，山东，山西，河南等地各城抓紧时间囤积战争物资，收拢民众，编练精壮，做好御敌准备，抓紧时间备战。
同时不等内阁回复，一道道由皇帝亲自签发的御令直接从内书堂发出，绕过内阁下发各地。为防止各地方官员和军官阳奉阴违，此次下发的全数为中旨，由锦衣卫携带发放到各州，地府县和各地卫所驻军手中，并且明确告知各地府县和驻屯军官，此次建奴入侵事件非同寻常，务必严格执行命令，并且各部官员由各地锦衣卫暗中监视监督执行，若执行不力，待战事结束后将以通敌卖国罪统一处理。
各地收到消息后先是震惊，建奴入侵关内这个情报，在信息传递落后的古代，很多地方还不知道或者来不及知道。而且这是建奴头一次入侵到关内，然后又是震惊，此次全是陛下的中旨御令，没有内阁加印，这样完全打破了以往的惯例。想要不执行吧，人家明说了有锦衣卫盯着你，执行吧与制不符这就很狗血了。有部分官员脑袋脖子硬的拒绝执行，第二天人就消失了。好家伙，大丈夫能屈能伸，于是大家伙做事纷纷认真起来，那叫一个为陛下之命是从，坚决拥护和执行朱由检的安排和命令。各地方动员起来，这样一来，地方防御的问题算是暂时告一段落。
下面就是京师防御问题的安排。首先还是中旨御令发出，不过此次派发的对象大多数是朱由检自己团队亲信，执行度更高。
首先是调动扩军后的西苑禁卫第二军，三营全数进驻京师戍卫，任命孙传庭为本次御敌作战总经制，统一指挥京畿之地的所有军队，包括但不限于禁卫军，还有京营，各地方卫所兵等等。由孙传庭全权主持京师防御，同时宋献策为参谋部长协同指挥。
各产业也开始进行收缩，兵粮加工厂日夜不停的赶工，为了加快效率，孙传庭将京营调出去紧急搬运粮食等物资。
新上任的皇庄主事刘文炳也积极让农户抓紧时间集中，收拾细软，向就近城池集中，躲避兵灾。
武官学院所有适龄学员被紧急调入第二军，进行适应训练。
巩永固的皇家商行大举买进粮食和药材，布帛等物资。一时间京师物价开始上涨。
皇家兵工厂昼夜不停的赶工生产军械大炮等物资，由于兵工厂太过重要，为了防止有心人破坏，孙传庭调集第二军直属卫队日夜看守，保证其安全生产。
大明时报也刊登出建奴入关，烧杀抢掠的新闻，重点对后金鞑子的残暴进行报道，加印多版，紧急递送到周边地区，进行宣传，提醒民众抓紧时间转移。
同时在陕西的第一军也收到了内书堂的作战方案，战争一线的孙承宗，满桂也同时收到了内书堂下发的八百里加急军情文书，信中朱由检对孙，满二人的积极抵抗行为进行了赞誉和支持，同时将本次防御策略详细告知了孙承宗，满桂两位大将。二人对于皇帝的决策基本认同，纷纷照章进行。
一时间收到消息的各地在慌乱而又有序中进行备战。百姓拖家带口的进入城池躲避兵灾。各地官府因为有大批派出的锦衣卫监视，纷纷积极主动的吸纳难民入城，积极备战。
这一次建奴入侵关内，相比于历史上的乙巳之变区别要大很多，对于后金的军事行动，大明做到了有组织，有策略的应对，相比于之前，将所受的损失减少到了最低。
唯一难受的就是内阁，为了保证执行效率，朱由检避开了争论不休的朝臣和内阁，所有决策均以中旨的形式下发，并且得到了执行，这对内阁的权力和威信造成了巨大的打击。而内阁面对当前的局势，也不得不进行配合，忍气吞声的接受下来。
崇祯二年十二月，宣大一线仍在奋力抵抗皇太极十万大军，遵化防御战彻底打出了孙承宗善于守城的名声。皇太极速战速决，迅速突破的战略被打破了...